$sudo aptitude remove virtualbox-2.0De esta manera quedará desinstalada. Ahora lo que tenemos que hacer, sólo es bajar la nueva versión, de aquí
Finalmente escogemos el paquete que corresponde a nuestra distribución de Linux, en mi caso Ubuntu e instalamos.
El programa lo podrás ejecutar desde el menú "Aplicaciones>>Herramientas del sistema>>Sun xVM VirtualBox"