Creamos un archivo de respaldo (por si acaso)
$sudo cp /etc/samba/smb.conf /etc/samba/smb.conf_respaldo
Ahora modificaremos el archivo para agregar el dominio deseado
$sudo gedit /etc/samba/smb.conf
Buscamos la línea que diga
...
workgroup=WORKGROUP
...
La reemplazamos con el nombre de dominio deseado
workgroup=DOMINIO
Guardamos el archivo y finalizamos con lo siguiente en la consola
$sudo testparm
$sudo /etc/init.d/samba restart
Referencia aquí